Tipul de bacterii constituite din bacili, dintre care unele sunt patogene pentru om, denumite acidoalcoolorezistente din cauza colorarii lor deosebite prin tehnica lui Ziehl-Neelsen, care permite sa fie diferentiate de alti germeni la un examen direct.
Exista numeroase specii de micobacterii, Mycobacterium tuberculosis sau bacilul lui Koch, este responsabila de tuberculoza. Mycobacterium leprae sau bacilul lui Hansen, care provoaca lepra. Mycobacterium bovis este responsabila de tuberculoza bovina si poate eventual sa contamineze omul. Bacilul lui Calmette si Guerin (BCG) este o susa de Mycobacterium bovis atenuata, utilizata pentru vaccinarea impotriva tuberculozei.

Alte specii de micobacterii, denumite atipice, sunt prezente in mediu si de obicei nu prezinta pericol pentru om. Ele sunt totusi responsabile de infectiile oportuniste (care nu se declara decat la persoanele cu mijloacele de aparare imunitara slabite), ca Mycobacterium avium-intracelulare, care declanseaza frecvent infectii generalizate (septicemii) la bolnavii atinsi de SIDA.